อิทธิพลของพายุไต้ฝุ่นหมายเลข 6 ส่งผลกระทบอย่างหนักต่อการคมนาคมภายในประเทศญี่ปุ่น โดยในวันนี้ (2 มิ.ย.) เที่ยวบินในประเทศที่เดินทางเข้าและออกจากภูมิภาคคิวชูรวมถึงชิโกกุ ถูกยกเลิกไปแล้วมากกว่า 300 เที่ยวบิน แบ่งเป็นสายการบินเจแปนแอร์ไลน์ (JAL) 170 เที่ยวบิน และออลนิปปอนแอร์เวย์ (ANA) 67 เที่ยวบิน ซึ่งคาดว่าจะกระทบผู้โดยสารรวมกันกว่า 10,000 คน นอกจากนี้ในวันที่ 3 มิ.ย. ทาง JAL ยังได้ประกาศยกเลิกล่วงหน้าเพิ่มอีก 269 เที่ยวบิน และ ANA อีก 13 เที่ยวบินอีกด้วย
สำหรับการเดินทางทางรถไฟในวันที่ 3 มิ.ย. นี้ ทาง JR Central ระบุว่า รถไฟชินคันเซ็นสายโทไคโด อาจมีการระงับบริการในบางช่วง เปลี่ยนแปลงสถานีปลายทาง หรือหยุดวิ่งกะทันหันตั้งแต่รถเที่ยวแรก ขณะที่ JR East จะระงับการเดินรถไฟท้องถิ่นตั้งแต่เที่ยวแรกเช่นกัน ในเส้นทางสายโทไคโด (ช่วงสถานีโอดาวาระถึงสถานีอาตามิ) และสายโชนันชินจูกุ (ช่วงสถานีชินจูกุถึงสถานีโอดาวาระและสถานีซูชิ)
ทางด้านสมาคมสภาพอากาศแห่งประเทศญี่ปุ่น (JWA) คาดการณ์ว่า พายุไต้ฝุ่นหมายเลข 6 จะเคลื่อนตัวไปทางทิศตะวันออกตามแนวชายฝั่งตอนใต้ของเกาะฮอนชู และจะเข้าใกล้พื้นที่ตั้งแต่ภูมิภาคคิวชูไปจนถึงภูมิภาคคันโตมากที่สุดในช่วงคืนวันนี้ถึงวันที่ 3 มิ.ย. โดยมีแนวปะทะอากาศฤดูฝนที่คงตัวอยู่ทางทิศเหนือเป็นตัวเร่ง ทำให้เกิดฝนตกหนักรุนแรงก่อนที่ศูนย์กลางพายุจะมาถึง และเสี่ยงเกิดแถบกลุ่มฝนหนาแน่นในพื้นที่ตอนใต้ของคิวชูและชิโกกุ
ทั้งนี้ ช่วงเวลาวิกฤตที่ฝนและลมจะพัดกระหน่ำรุนแรงที่สุดในภูมิภาคชิโกกุ ภูมิภาคคินคิ และภูมิภาคโทไก จะตรงกับช่วงค่ำคืนนี้ ส่วนภูมิภาคคันโตจะตรงกับช่วงเช้าของวันที่ 3 มิ.ย. ซึ่งเป็นเวลาเดินทางไปทำงานและไปเรียน จึงขอให้ประชาชนในพื้นที่เสี่ยงรีบเตรียมความพร้อมรับมือภัยพิบัติและกรณีไฟดับให้เสร็จสิ้นภายในช่วงกลางวันของวันนี้ด้วย
